О происхождении китайских собак известно очень мало, и шар-пей не составляет исключения. Письменных свидетельств не существует. Устные предания утрачены, а оставшиеся весьма скудны. Большинство сведений почерпнуто из современных исследований, многочисленных предположений и теорий.
Две основные теории утверждают, будто шар-пей происходит либо от гладкошерстных чау-чау, либо от древних мастифов. Китайские шар-пей и чау-чау существовали в одно и то же время, а в сложении и внешнем виде этих пород отмечаются поразительные сходства. Вдобавок только у этих двух из всех известных собак язык имеет сине-черную пигментацию. К сожалению, о происхождении чау-чау тоже почти ничего не известно.Возможно, что чау-чау самостоятельная порода, хотя не исключеноее происхождение от тибетского мастифа.
В серии статей, посвященнх родственным связям мастифа, Р.Дж. Харснелл из Гонконга прослеживает возможные черты мастифа в китайском шар-пее. Автор считает, что на внешность породы наложили отпечаток несколько разновидностей мастифов. Такие породные характеристики, как разнообразие окрасов и физического сложения, указывают на полиморфизм происхождения. Предполагается, что избыток свободной кожи образовался по мере выведения более мелких собак. В целях дальнейшего подтверждения этой теории приводится тот факт, что Ортопедический фонд животных (OFA) классифицирует китайского шар-пея как гигантскую породу на основании быстрого роста щенков до размеров взрослой особи.